Die Markwaldschule ist im Schulverbund mit der Bachwiesenschule in Hergershausen, Schule im Kirchgarten, Joachim-Schumann-Schule und Edward- Flanagan- Schule in der Kernstadt.

Die enge Zusammenarbeit mit den anderen Schulen in Babenhausen unterstützt uns in unserer pädagogischen Arbeit. So ist der Vergleich mit anderen Grundschulen bei Themen der Unterrichtsgestaltung, der Eltern- und Öffentlichkeitsarbeit interessant und hilfreich. Auch finden immer wieder schulübergreifende Schulveranstaltungen wie Theateraufführungen oder Lehrerfortbildungen statt. Der Austausch mit den weiterführenden Schulen erleichtert für die Kinder die Übergänge und macht die Arbeit der Schulen für die Eltern transparenter.

Seit dem Schuljahr 2002/ 2003 findet ein gemeinsamer Wettbewerb (Gesamtschule- Oberstufengymnasium- Grundschule) unter dem Titel „Herausforderung für Hochmotivierte“ statt. Schülerinnen und Schüler können freiwillig ein Referat ausarbeiten und präsentieren. Die Schulsieger der einzelnen Schulen präsentieren ihre Ergebnisse in einer gemeinsamen Veranstaltung.